Что делать, если мне выдадут справку вместо военного билета?

В 2013 у меня вышел срок аспирантуры, и 27 мне исполнилось в октябре 2014. Соответственно, я не прятался, но и в военкомат сам не являлся. Бумаги мне не шли и, если честно, я думал, что спокойно получу свой военник. Теперь, как можно понять, я очевидный кандидат на получение справки вместо военного билета.

Будут ли какие-нибудь комментарии на этот счёт?

Вы были обязаны явиться в военкомат самостоятельно по причинам изложенным в статье 10 ФЗ №53. Если вы по ним не являлись, то вас может ожидать штраф от 100 до 500 рублей.
Да, скорее всего призывная комиссия примет в отношении вас решение о том, что вы являетесь гражданином, не прошедшим военную службу не имея на то законных оснований, и военкомат запросто выдаст справку взамен военного билета с этой записью.
Это решение ПК необходимо обжаловать в ПК субъекта РФ или в суд.