В военкомате потеряли моё дело, и я опасаюсь, что мне выдадут справку вместо военного билета

Отсюда еще один вопрос: стоит ли говорить что я жил по месту прописки, или лучше остаться на месте регистрации в Москве?

Рекомендую указывать, что проживали Вы в том месте муниципального образования, где стояли на воинском учете.

И могу ли избежать пометки «уклониста» по причине что дело было потеряно, и повесток вообще не было, т.к. нигде более не числился.

Военный комиссариат может ссылаться в свою очередь на то, что Вы являлись лицом призывного возраста и обязаны были пройти военную службу по призыву. Но Вы её не прошли. Со своей же стороны в соответствии с ФЗ №53 "О воинской обязанности и военной службе" Вы обязаны являться в военный комиссариат по повесткам, которые Вы не получали. Поэтому однозначно ответить какое в результате будет принято решение Призывной комиссией ответить не представляется возможным.

Могу ли я получить не справку, а ВБ? Поскольку на момент публикации и, тем более, вступления 495 приказа в силу мне уже было 27

По данному поводу однозначно не отвечу, потому как судебной практики с момента вступления Приказа МО №495 пока не имеется.