Если военкомат проводил медкомиссию, а в это время действовала отсрочка от призыва?

Я подозреваю, что военкомат нарушил закон в отношении призывника.

Есть ли какая-нибудь ответственность военкомата, если он проводил в отношении призывников медкомиссию во время действия отсрочки от призыва?

Результаты такой медкомиссии будут признаны незаконными, если дело дойдет до суда. Все решения врачей будут отменены. Решение призывной комиссии, принятое на основании этих результатов медкомиссии тоже будет отменено.
Что касается ответственности, чего-то серьезного добиться вряд ли удастся. Если обратитесь в прокуратуру, деятельность военкомата проверят, выявят, что медкомиссия была проведена незаконно, "погрозят" за это начальнику отдела военного комиссариата "пальцем", предпишут соблюдать закон и на этом все закончится. Если такие обращения будут зафиксированы в прокуратуре несколько раз от разных граждан, начальник отдела может лишиться своей должности.