Правильно ли я понимаю, что в военном билете не должно быть пометок «не прошёл военную службу по призыву не имея на то законных оснований»?

По закону не должно быть данной пометки. Призывная комиссия ориентируется не на дату защиты вами диссертации, а на дату ранее предоставленной отсрочки. И не можете быть призваны вы только в период действия отсрочки, а не как-то иначе. В целом, должны по закону, если вы не уклонялись от службы в армии, выдать военный билет с записью "не служил". Но ПК запросто может написать вам заключение "не прошёл военную службу, не имея на то законных оснований", а военкомат запросто может выдать справку взамен военного билета, на основании этого заключения и своей интерпретации приказа МО № 495. Поэтому нужно подавать обжалование в ПК субъекта РФ или в суд.