Если мой диагноз не подтвердится, меня сразу отправят в армию?

В общем, принес я результаты в свой военкомат, дали мне по 3 степени плоскостопия категорию «В».
Сказали, что направляют на списывание и еще нужно заполнить какое-то заявление на белом листе.
Примерно: «прошу направить меня на медицинское обследование».
Дату сказали не ставить.
И позвонят в конце мая, для того, чтобы утвердить диагноз в областном военкомате.
На данный момент имею отсрочку до 3-13 июня (точно не знаю) по причине обучения.

Может быть такое, что диагноз не утвердят и сразу отправят в армию? К чему вообще стоит готовиться?

Эта процедура называется контрольным медицинским освидетельствованием. Она может проводиться как очно (с вызовом), так и заочно - по документам.
Диагноз могут изменить ТОЛЬКО в результате доп.обследования, где будет поставлен новый диагноз. Сами же врачи-специалисты призывной комиссии устанавливать диагноз не уполномочены.
Повестка для отправки к месту прохождения военной службы вручается, как правило, не ранее чем за 3 дня. Таким образом, у Вас имеется время для обжалования решения призывной комиссии.
Если переживаете, то можете составить нотариальную доверенность на близкого человека, чтобы тот мог подать иск в суд.