Я приходил в военкомат, но мне ответили, что я к нему не отношусь. Могу ли я ссылаться на это в суде?

Могу ли я сообщить в ответ на претензию о неявке, что являлся, но поскольку дела не было, будто бы мне ответили о моей непричастности к ним?

Сколько хранится книга учёта однозначно не отвечу. Полагаю что находится она в архиве достаточно длительное время. Вы можете попробовать ссылаться на такой факт, но отмечу, что судиться с военным комиссариатом весьма тяжело, потому как военный комиссариат - это гос. структура. Как показывает опыт, суд принимает больше сторону представителя государственной власти.