Правомерен ли отказ сотрудников военкомата поставить на учет из-за того, что не заполнен раздел 3 военного билета?

Должны совершить постановку на воинский учет. Статья 10 53-ФЗ, цитирую: 1. В целях обеспечения воинского учета граждане обязаны: состоять на воинском учете по месту жительства (граждане, прибывшие на место пребывания на срок более трех месяцев или проходящие альтернативную гражданскую службу, - по месту их пребывания) в военном комиссариате, а граждане, имеющие воинские звания офицеров и пребывающие в запасе Службы внешней разведки Российской Федерации и в запасе Федеральной службы безопасности Российской Федерации, - в указанных органах. Рекомендую написать Вам заявление с требованием совершить постановку на в.у. В случае отказа - обращайтесь в прокуратуру.